Jake Foley est un informaticien tout à fait classique, mais il rêve de travailler pour la NSA en tant qu'agent secret. Actuellement il n'est qu'à mi-chemin de son objectif : il travaille dans le service technique. Mais un jour, il découvre qu'un véritable agent est en train d'envoyer des informations classées secrètes ; ces informations concernent les recherches d'un laboratoire travaillant sur la nanotechnologie, des éléments informatiques invisibles à l'oeil nu, et en l'occurence, permettant d'acquérir des pouvoirs phénoménaux. En cherchant à arrêter l'agent/traître, il est infecté par les nanorobots... Dès lors, il devient enfin un agent secret, et pour cause : ce qu'il expérimente au quotidien est classé secret défense ! Jake va commencer à comprendre les implications de ses nouvelles possibilités, et de sa double vie...