Le Neptune (Seaview en anglais) est un sous-marin atomatique expérimental conçu et dirigé par l'amiral Harriman Nelson, secondé par le capitaine Crane. Il est un outil de recherche océanographique au service de la Nelson Institute of Marine Research. On y trouve notamment à son bord le sous-marin volant, un petit véhicule en forme de soucoupe.

La série met en scène les aventures fantastiques du sous-marin. On y croise au fil des 110 épisodes des créatures improbables (des méduses géantes à des extraterrestres en passant par des automates nazis et des monstres préhistoriques) et il y est abordé de nombreux sujets polémiques tels que le risque du nucléaire ou les problèmes de pollution maritime.

La série est dérivée du film de 1960 du même nom (intitulé Le Sous-marin de l’apocalypse en France) et réalisé par Irwin Allen, le créateur de la série.